Công trình tôn giáo Tây Ban Nha này không chỉ được trang trí công phu mà còn giữ trọng trách bảo vệ Cây thánh giá Magellan, thánh tích thiêng liêng tại Thành phố Cebu. Được dựng lên bởi các nhà thám hiểm Tây Ban Nha và Bồ Đào Nha theo lệnh của nhà du hành nổi tiếng Ferdinand Magellan, cây thánh giá đánh dấu sự khởi đầu của quá trình truyền đạo Công giáo tại Philippines, đồng thời là địa danh có tầm quan trọng về cả tôn giáo lẫn lịch sử trong thành phố. Bất cứ ai đến đây cũng phải trầm trồ trước kiến trúc xinh đẹp của nhà nguyện và ngắm nhìn cây thánh giá đã có từ hàng thế kỷ mà nhờ bức tranh vẽ trên trần nhà làm nền, lại càng thêm phần nổi bật.
Từ Nhà thờ Minore del Santo Niñou, du khách có thể đi bộ qua quảng trường lát gạch để đến nhà nguyện bằng đá hình bát giác, được xây dựng năm 1834 để bảo vệ thánh tích linh thiêng. Nhà nguyện có những ô cửa dạng vòm rộng rãi và mái lợp ngói đỏ. Bước qua một trong những cửa vòm ấy, du khách sẽ bắt gặp cây thánh giá truyền thuyết. Theo người dân địa phương, Công giáo ở Philippines đã bắt đầu ở chính nơi này, với lễ rửa tội của Vua Humabon và Nữ hoàng Juana. Những bức tranh trên trần nhà nguyện như tạc bóng hình của Magellan, khi ông đến bờ biển Đảo Cebu, khi ông đóng cây thánh giá và cả khi ông rửa tội cho bậc trị vì của Philippines.
Theo thông tin trên tấm bảng nhỏ bên dưới thì cây thánh giá nguyên bản được bọc trong gỗ tindalo để tránh tác động từ môi trường bên ngoài. Một số người tin rằng cây thánh giá ấy đã bị phá hoại bởi những tín đồ muốn cạy lấy vài mảnh gỗ để lưu niệm hoặc làm thánh vật. Số khác lại cho rằng thánh tích này đã bị phá hủy hoặc bị đánh cắp ngay sau khi Magellan qua đời và nhanh chóng được thay thế bằng bản sao mà du khách thấy ngày nay.
Chẳng ai có thể khẳng định câu chuyện nào trong số này là thật, chỉ biết rằng Cây thánh giá Magellan là nơi tuyệt vời để trải nghiệm bầu không khí của một địa điểm hành hương quan trọng. Du khách nhớ tham gia phong tục địa phương, đó là đặt một đồng tiền hoặc một cây nến cầu nguyện nhỏ dưới chân cây thánh giá.
Cây thánh giá Magellan nằm ở Santo Niño lịch sử, cách Bến phà Cebu-Mactan khoảng 25 phút đi bộ. Du khách có thể đến dễ dàng đến khu vực này bằng cách bắt xe buýt đến Tòa Thị chính Cebu gần đó. Nhà nguyện không thu phí tham quan. Cách địa điểm này một quãng đi bộ ngắn còn có những di tích lịch sử quan trọng nhất của Cebu như Pháo đài San Pedro và Nhà thờ Metropolitan Cebu.
